Что предпринять, если часть взносов за себя у ИП списана в погашение налоговых долгов

Если, как мы поняли из вашего вопроса, суммы, уплаченной вами на КБК взносов по платежке со статусом «02», хватило и для погашения задолженности по транспортному налогу, и для уменьшения авансового платежа по налогу при УСН до нуля, делать ничего не нужно.
Вы правильно не подали уведомление об исчисленных суммах в отношении аванса по УСН за 1 квартал – нулевое уведомление не предусмотрено нормами НК.
Согласно разъяснениям ФНС, при условии сохранения положительного ЕНС-сальдо (на конец отчетных периодов по УСН и на конец года) на сумму не меньше суммы предполагаемого уменьшения плательщик вправе уменьшать налог на взносы без подачи заявления о зачете, при уплате денег как на КБК взносов, так и на КБК ЕНП (Письмо ФНС от 25.04.2023 № СД-4-3/5326@). Нельзя сказать, что такой способ уменьшения не может привести в конечном итоге к разногласиям с ИФНС, но он предложен ФНС в официальных разъяснениях, и предприниматели вправе его использовать.
Просто имейте в виду, что фактически вы уплатили взносы за себя в сумме меньшей, чем рассчитывали (на сумму задолженности по транспортному налогу, погашенной за счет взносов).