Как разобраться со списаниями с ЕНС

Не видя ваших бумаг и документов, сложно ответить на вопрос конкретно.
Возможно, расхождения связаны с тем, что ИФНС зарезервировала какие-то из ваших налоговых платежей в счет будущих начислений по конкретным налогам и взносам. Подробнее мы писали об этом в статье «Сверка с ИФНС: версия 2023 года» (ГК, 2023, № 11).
Также возможно, что инспекция по ошибке зарезервировала лишние средства, иногда такое случается с НДФЛ. Сумма НДФЛ резервируется по уведомлениям, а при наступлении срока платежа резерв не снимается, а сумма налога снова списывается, но уже из положительного сальдо, и на другие налоги денег уже не хватает, поскольку у НДФЛ приоритет перед другими налогами. Как итог — сальдо ЕНС некорректное.
Увидеть зарезервированные суммы можно в личном кабинете. Не должно быть ситуации, когда у вас отрицательное сальдо и при этом есть зарезервированные суммы. По закону все резервы снимаются, если возникает недоимка. Исправить ситуацию в таком случае поможет заявление на отмену зачета. О том, как его заполнить, мы писали в статье – «ИФНС зарезервировала лишнюю сумму налогов: что делать?» (ГК, 2023 № 12).
Можно попробовать сообщить о своем несогласии с отрицательным сальдо ЕНС/актом сверки по налогам через онлайн-сервис «Оперативная помощь: разблокировка счета и вопросы по ЕНС». Для этого в соответствующих полях нужно указать свои данные (ИНН, наименование организации/ФИО ИП, номер телефона), а в поле «Вопрос, который требует решения» выбрать «Не согласен с данными в акте сверки» или «Не согласен с сальдо ЕНС, требуется актуализация».
Также свои расхождения в части ЕНС можно описать в ФНС в ее Telegram-чате. Сотрудники налоговых органов довольно оперативно реагируют на сообщения и дают разъяснения.